Dies ist die schwierigste aber ebenso die wichtigste Herausforderung, wenn die Rehabilitation zu einer andauernden Verbesserung führen soll. Diese Beurteilung der Wirksamkeit der Rehabilitationsmassnahmen beim einzelnen Patienten erfordert Messsysteme, welche wissenschaftlich solide sind (zuverlässig, gut begründet und imstande, das zu messen, was zu messen sie vorgeben). Sie müssen auch im klinischen Kontext nützlich sein (das heisst kurz, einfach, etc.). Sie müssen auch geeignet sein, das Studienobjekt richtig zu erfassen sowie die Art der Intervention zu beurteilen. Im Falle der Neurorehabilitation wird ein Wirksamkeitsnachweis nicht auf dem Niveau der Pathologie oder Funktionsstörung erwartet, sondern eher im Bereich von Behinderung und Handicap (beziehungsweise von Aktivität und Teilnahme wie dies in den kürzlich publizierten International Classification of Impairments, Disabilities and Handicaps 2 definiert wurde). Ausserdem erfolgt eine Beurteilung im weiteren Sinne, in den mehr patientenbezogenen Feldern von Lebensqualität, Umgang mit der Krankheit und Selbstgenügsamkeit. Das Messsystem, das in den Therapiestudien bei der MS am häufigsten angewandt wurde, die EDSS Skala von Kurtzke ist ungeeignet, um die Rehabilitation zu evaluieren, nicht nur wegen der wissenschaftlichen Beschränktheit (insbesondere ungenügende Feinheit der Differenzierung) sondern auch deshalb, weil verschiedene wichtige Gebiete nicht erfasst werden. Aus diesem Grunde wurden verschiedene allgemeine Messsysteme der Behinderung bei der MS-Rehabilitation verwendet zum Beispiel der Barthel Index (BI), der Functional Independence Measure (FIM), Functional Independence Measure/Functional Assessment Measure (FIM/FAM), Handicap (London Handicap Scale (LHS)) und Lebensqualität (The Short From 36 Health Survey Questionnaire (SF-36)).

Neuerdings wurden verschiedene MS-spezifische Messsysteme entwickelt, welche zur Zeit getestet werden und bezüglich Behinderung Anwendung finden (UK Disability Scale) Lebensqualität (Quality of Life Inventory (La Rocca), Functional Assessment of MS (FAMS), MS QOL 54, The Leeds QOL Scale und die MS Disease Impact Scale (MSIS).

Die Beurteilung des Rehabilitationsprozesses einschliesslich der Zielerreichung kann über sogenannte integrierte Pflegewege (integrated care pathways – ICPs) erfolgen. Das ICP ist ein ausgezeichnetes Instrument, durch welches die Ziele, die nicht erreicht werden über die Zeit dokumentiert werden können, beziehungsweise es zeigt an, warum das so war, zum Beispiel infolge Unterschätzung der kognitiven Funktionsstörungen oder des Einflusses der Müdigkeit.