Es ist weiterhin möglich, dass Viren eine wichtige Rolle in der Pathogenese der MS spielen. Aus diesem Grund wurde eine randomisierte doppelblinde Studie mit Acyclovir durchgeführt, welches üblicherweise zur Behandlung der Herpes simplex Infektionen verwendet wird. 60 Patienten mit schubförmiger MS wurden mit 800 mg Acyclovir dreimal pro Tag beziehungsweise mit Plazebo behandelt. Unter der aktiven Behandlung zeigte sich eine Reduktion der jährlichen Schubrate um 34%. Deshalb sollten weitere Studien mit diesem und ähnlichen Medikamenten durchgeführt werden. In einer neueren Studie mit Schwergewicht MRI-Veränderungen zeigte sich kein eindeutiger Nutzen, auch wenn ein solcher bei gewissen Untergruppen nicht sicher ausgeschlossen werden konnte.

Nach Auffassung des Komitees leuchtet die Begründung für diese Therapie zum Teil ein. Sie wurde aber noch nicht ausführlich genug untersucht und muss deshalb weiterhin als experimentell gelten.