Methotrexat ist ein weiteres Immunsuppressivum. Niedrig dosierte orale Verabreichung zeigte eine gewisse Wirksamkeit und wenige Nebenwirkungen bei anderen immunologisch vermittelten Krankheiten wie rheumatoider Arthritis oder Psoriasis. Eine frühe Studie bei MS liess eine gewisse Verminderung der Schubrate nachweisen, aber keinen Nutzen bei progredientem Verlauf.

In einer neueren Studie wurden 60 gehfähige Patienten mit progredienter MS und leichter bis schwerer Behinderung in einer Dosierung von 7,5 mg pro Woche über 2 Jahre mit Plazebo verglichen. Die Patienten, welche Verum erhielten zeigten eine signifikant verminderte Verschlechterung gemessen an einer Skala, welche den EDSS beinhaltete, weitere Tests für die Armfunktion. Der hauptsächliche Nutzen trat relativ früh in der Studie auf. Allerdings liess sich die Wirkung nicht nachweisen, wenn nur das traditionelle Mass des EDSS verwendet wurde. Die Wirkung auf die MR-Aktivität war ebenfalls nur gering. Diese niedrige Dosis des Methotrexates wurde gut toleriert, und kein Patient brach die Behandlung wegen Nebenwirkungen ab.
Langfristige Verwendung von Methotrexat kann zu Schleimhautirritationen führen, gastrointestinalen Symptomen, Lebertoxizität, Lungenfibrose und Unterdrückung der Knochenmarksfunktion.

Nach Auffassung des Komitees ist der Nutzen dieser Therapie nicht bewiesen, weitere Studien sind erforderlich. Niedrig dosierte Behandlung wird gut toleriert.