Die spezifische Immunsuppression greift in die Mechanismen ein, welche zu einer Aktivierung der T-Lymphozyten im Bereich des sogenannten trimolecularen Komplexes führen: Hier werden die für die Krankheit relevanten Antigene durch antigenpräsentierende Zellen den T-Zellen präsentiert, welche den entsprechenden T-Zell Rezeptor exprimieren, was zur Bildung proinflammatorischer myelinreaktiver Lymphozyten führt. Dies kann zum Beispiel dadurch erreicht werden, dass Moleküle, welche die wichtigen Stellen des T-Zell Rezeptors inaktivieren (zum Beispiel monoclonale Antikörper), durch Peptidmoleküle welche um die Bindung mit dem T-Zell Repetor in Konkurrenz stehen, oder durch T-Zell Vakzination. Diese Konzept der Beeinflussung auf dieser Ebene ist in der Theorie sehr attraktiv, bietet aber in der Praxis einige Probleme: Hauptsächlich die Tatsache, dass der spezifische Immundefekt bei der MS nach wie vor nicht bekannt ist: deshalb steht man diesem Verfahren skeptisch gegenüber bezüglich eines therapeutischen Potentials bei der MS, auch wenn schon gezeigt werden konnte, dass es beim Tiermodell der EAE sehr wirksam ist. Selbst wenn sich zu Beginn sehr spezifische T-Zell-vermittelte Immunantworten finden und behandeln liessen, würde die Wirksamkeit einer solchen Therapie mit der Zeit abnehmen, weil sich mit zunehmender Dauer die Immunantworten verändern („epitope spreading“).