Wie weiter oben ausgeführt mehren sich die Hinweise dafür, dass eine Störung immunulogischer Funktionen, bei denen Lymphozyten, Makrophagen und Zytokine eine Schlüsselrolle spielen, in der MS-Pathogenese von Bedeutung sind. Aus diesem Grund wurden verschiedene Verfahren entwickelt, mit denen einzelne Schritte verändert oder blockiert werden können, welche in den Entzündungsvorgängen und immunologischen Netzwerken eine Rolle spielen.
Es lassen sich einige grundsätzlich unterschiedliche Strategien darstellen.

• Die Entwicklung einer selektiveren Immunsuppression, um die potentiellen Nebenwirkungen einer allgemeinen Immunsuppression zu überwinden.
  
• Die Entwicklung von Substanzen, welche sich auf die Zytokinproduktion derart auswirken, dass das Gleichgewicht zwischen proinflammatorischen Zytokinen wie IL-2, IFN Gamma, Tumornekrosisfaktor Alpha (TNF Alpha) auf die Seite der Produktion von antientzündlichen Zytokinen wie IL-4, IL-5 und IL-10 verschoben wird. Studienergebnisse zeigen, dass IFN Beta sowohl die klinischen wie auch die MR-Parameter für Krankheitsaktivität verringert, und weitere Beobachtungen zeigen, dass dies sehr wohl auf diese Verschiebung des Gleichgewichtes zwischen pro- und antiinflammatorischen Zytokinen zurückgeht. Einige experimentelle Hinweise lassen allerdings befürchten, dass diese Art der Beeinflussung des immunologischen Gleichgewichtes zu einer verstärkten Produktion von Antikörpern und damit zu stärkerer Krankheitsausprägung führen kann.
  
• Die Entwicklung von Substanzen, die sich auf den Beginn der immunologischen Antwort auswirken, wenn T-Lymphozyten aktiviert werden nach Präsentation von Antigen durch spezielle Zelle. Befunde im Tiermodell der EAE lassen annehmen, dass dieses Erfahren erfolgversprechend ist.
  
• Die Entwicklung von Substanzen, welche die Blut-Hirnschranke derart stabilisieren, dass aktivierte Immunzellen weniger gut ins ZNS eindringen können. Die Bedeutung dieses Wirkmechanismus wurde durch MR-Untersuchungen unterstrichen, welche bei Patienten mit IFN Beta Therapie durchgeführt wurden: Es zeigte sich, dass ein Teil der Wirkung von IFN Beta auf diesen Mechanismus zurückgehen könnte.