Más de los dos tercios de pacientes con EM refieren disfunción intestinal, frecuentemente en combinación con problemas vesicales. El síntoma más común es el estreñimiento y la incontinencia fecal, que coexisten frecuentemente. La comprensión de los mecanismos fisiopatológicos subyacentes es escasa y se conocen muy pocas estrategias de manejo. El enlentecimiento del tránsito intestinal, la disfunción rectal y la intususcepción son posiblemente algunos de los mecanismos causantes del estreñimiento, mientras que la incontinencia resulta del descenso de la sensación rectal, escasa contracción voluntaria del esfínter anal y suelo pélvico o compliancia rectal reducida. Otros factores no relacionados con la EM como el daño obstétrico sobre el esfínter anal pueden jugar un papel en esta disfunción. No existen publicaciones sobre el efecto farmacológico en la EM y disfunción intestinal. La mayoría de pacientes prueban laxantes y enemas antes de consultar por estreñimiento. Aumentar el aporte de fibra en la dieta o el uso de laxantes formadores de volumen como la lactulosa pueden ayudar en casos de estreñimiento moderado pero no serán eficaces en cuadros graves. Los estimulantes o laxantes osmóticos como la senna y el bisacodil también pueden ser útiles. El establecimiento de una programación intestinal puede ayudar aunque no existen evidencias sobre ésta.

Cuando los síntomas de incontinencia fecal son ligeros-moderados, infrecuentes y no debidos a impactación con rebosamiento, el tratamiento con loperamida o fosfato de codeína puede ser efectivo, aunque estos agentes deben usarse con cuidado si la incontinencia coexiste con el estreñimiento. La aplicación de un enema por la mañana puede reducir el riesgo de incontinencia durante el día.
Recientemente el MSCCPG ha publicado unas guías basadas en la evidencia que han supuesto la base de muchos, si no de todos, los contenidos de esta sección.

Según el Comité, la disfunción intestinal en pacientes con EM sigue siendo difícil de manejar y existen escasas orientaciones basadas en la evidencia.