La Azatioprina es un fármaco inmunosupresor que está ampliamente utilizado en una variedad de alteraciones inmunomediadas. Un metaanálisis de cinco ensayos doble ciegos y dos simple ciego, randomizados con un total de 793 pacientes con EM dan soporte a la conclusión de que la azatioprina (1-3 mg/Kg/m2) reduce la razón de brotes y puede tener un modesto efecto en la escala de EDSS. Estos resultados han estado criticados en base a que las dosis utilizadas en algunos de estos estudios eran inadecuadas. Los efectos secundarios incluyen toxicidad gastrointestinal, hematológica y hepática. Otro riesgo potencial en el tratamiento a largo plazo es el cáncer, aunque un estudio caso control sugiere que el uso a corto plazo (menos de 5 años) no se asocia a un incremento de riesgo significativo. Durante el tratamiento es necesario monitorizar cuidadosamente al paciente, mediante el recuento de células sanguíneas y la función hepática.

En opinión del Comité, esta terapia ha demostrado tener una utilidad limitada en pacientes seleccionados. Aunque generalmente es bien tolerado, su uso comporta riesgos.