La ciclofosfamida es otro fármaco inmunosupresor que ha sido utilizado como tratamiento en la EM durante muchos años. Inicialmente fue utilizado en estudios no controlados, en los cuales a menudo, pero no siempre, se reportaba una mejoría de la condición del pacientes con una EM crónica progresiva, especialmente aquellos con una modesta discapacidad al inicio del tratamiento. Se realizó un amplio ensayo, un estudio multicéntrico Canadiense, que fracasó en demostrar un beneficio.

La ciclofosfamida tiene muchos efectos secundarios, incluyendo alopecia, náuseas y vómitos, cistitis hemorrágica, infertilidad y riesgo de infección. Algunos clínicos aún utilizan la ciclofosfamida como un “booster” en pacientes rápidamente progresivos, basado en estudios donde podría estabilizar la enfermedad. Es necesario monitorizar cuidadosamente al paciente durante el tratamiento mediante el recuento de células sanguíneas, función hepática y análisis de orina.

En opinión del Comité, persiste una considerable controversia sobre los beneficios de este fármaco en la EM en ausencia de resultados positivos de estudios amplios, randomizados y controlados. Debido a que su uso comporta un riesgo significativo, su uso debería considerarse como de investigacion.