Le cyclophosphamide est un autre immunosuppresseur employé depuis de nombreuses années dans le traitement de la SEP. Il a été initialement évalué lors d’études non contrôlées qui ont souvent, mais pas toujours, montré qu’il produit une amélioration dans la SEP chronique progressive, surtout chez les sujets qui présentent une incapacité très modérée au début du traitement. La plus vaste étude effectuée à ce jour, une étude multicentrique canadienne, n’a pas révélé d’effet favorable. Le cyclophosphamide comporte de nombreux effets secondaires dont l’alopécie, les nausées et les vomissements, la cystite hémorragique, l’infertilité, l’infection et le cancer. Certains cliniciens utilisent encore le cyclophosphamide comme traitement de choc chez les patients dont l’état s’aggrave rapidement, invoquant les allégations selon lesquelles il stabiliserait la maladie. Le traitement nécessite une surveillance étroite et constante du patient, notamment par la numération globulaire, les épreuves de la fonction hépatique et l’analyse des urines.

Selon le Comité, la valeur du cyclophosphamide dans la SEP continue d’être controversée, en l’absence de résultats favorables obtenus dans de vastes études randomisées et contrôlées. Comme son emploi est associé à un risque considérable, il doit être considéré comme un traitement expérimental.