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La causa della SM è ancora sconosciuta, ma migliaia dei ricercatori in tutto il mondo stanno meticolosamente componendo i pezzi di questo complicato puzzle. Nella SM, il danneggiamento della mielina potrebbe essere una risposta anormale del sistema immunitario, il quale normalmente difende il corpo dagli organismi che lo assalgono (batteri e virus). Molte delle caratteristiche della SM suggeriscono sia una malattia autoimmunitaria, per cui il corpo attacca le proprie cellule e tessuti, che nel caso della MS è la mielina. I ricercatori non sanno che cosa induce il sistema immunitario ad attaccare la mielina, ma si pensa ad una combinazione di diversi fattori. Una delle teorie vuole che un virus, dormente nel corpo, svolgere un ruolo scatenante nello sviluppo della malattia e può disturbare il sistema immunitario oppure istigare indirettamente il processo autoimmunitario.
Molte ricerche sono state condotte per identificare un virus della SM. È probabile che no esiste nessun virus della SM, ma che un virus comune, quale quello del morbillo o l'erpete, possa agire da fattore scatenante. Questi attiva le cellule bianche del sangue (linfociti), che rendendo vulnerabili i meccanismi della difesa del cervello (cioè la barriera emato/cerebrale) entrando nel cervello. Una volta all'interno del cervello queste cellule attivano altri elementi del sistema immunitario in modo tale che essi attaccano e distruggono la mielina.
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